WinMergeで文字化けする場合、文字コードに問題がある可能性があります。
その場合、
編集→設定→コードページ
で「指定したコードページ」を選択し、
適切な文字コードを設定することで問題が解消する可能性があります。
テキストファイルやCSVファイルなどの場合は、単純に文字コードによる問題の可能性が高いですが、
その他のファイルの場合、プラグインを有効にして対処する必要があります。
エクセルの場合、「エンコーディングエラーにより情報が失われています。」というメッセージが表示されて、
文字化けした状態の表示となることがあります。
エクセルのファイルを比較しようとして文字化けしている場合は、
以下の記事を参考にしてください。