WinMergeで同じファイルなのに「選択されたファイルは同一です。」と
表示されないことがあります。
その場合、まず、考えられることは、改行コードが違うとか、
最後にスペースなどがついていて、表面上おなじに見えるけど違うと言った場合です。
文字列の相違の色がついていない場合は、この可能性が高いです。
空白、改行を無視する設定になるとこのようなことが起きます。
あまりありませんが、同一内容のファイルだけど、文字コードが違うという場合もあります。
また、WinMergeの不具合で、うまく比較できないという場合も一応ありえます。